Η απαγόρευση της διδασκαλίας της φιλοσοφίας στην Αθήνα με διάταγμα του αυτοκράτορα του Βυζαντίου, Ιουστινιανού, το 529 μ.Χ., και η αυτοεξορία των νεοπλατωνικών φιλοσόφων στην αυλή του Πέρση βασιλιά Χοσρόη Β΄, σήμαναν το τέλος της πλατωνικής σχολής των Αθηνών που γνώρισε ακμή κατά τον 5ο-6ο αιώνα μ.Χ.

Όπως αναφέρει ο βυζαντινός χρονογράφος Ιωάννης Μαλαλάς (6ος αιώνας μ.Χ.), το 529 μ.Χ. ο Ιουστινιανός έστειλε διάταγμα στην Αθήνα να μη διδάσκει κανείς τη φιλοσοφία και να μην ασχολείται κανείς με την αστρολογία (τα άστρα και τους πλανήτες), ούτε κανείς να κάνει μαντεία με κύβους, γιατί κάποιοι τέτοιοι βρέθηκαν στην Κωνσταντινούπολη και τιμωρήθηκαν άσχημα. Με άλλα λόγια, στο διάταγμα αυτό η φιλοσοφία συνδέεται με την αστρολογία και τη μαντική ως βλάσφημες απέναντι στη χριστιανική θρησκεία. Γι αυτό, απαγορευόταν η διδασκαλία της φιλοσοφίας στη νεοπλατωνική σχολή των Αθηνών που ήδη είχε αποκτήσει μεγάλη φήμη με επικεφαλής τον Δαμάσκιο. Με προηγούμενα διατάγματα είχε απαγορευθεί στους Έλληνες, επειδή πίστευαν σε αρχαίους θεούς, και γενικά σε όλους τους μη Χριστιανούς, να αναλαμβάνουν δημόσιες θέσεις. Οι καθηγητές της σχολής των Αθηνών, σε αντίθεση με τους καθηγητές της νεοπλατωνικής σχολής της Αλεξάνδρειας, βιοπορίζονταν μόνο από τα δίδακτρα και την περιουσία της σχολής. Νέα πιο αυστηρά διατάγματα εναντίον όσων δεν ήταν Χριστιανοί (κατασχέσεις περιουσιών και προσωπικές επιθέσεις) καθώς και οι φήμες ότι οι Πέρσες ίσως έχουν δημιουργήσει την ιδανική κοινωνία, οδήγησαν τους φιλοσόφους στην αυτοεξορία. Οι επτά φιλόσοφοι της σχολής των Αθηνών Δαμάσκιος, Σιμπλίκιος, Ευλάμιος, Πρισκιανός, Ερμείας, Διογένης, Ισίδωρος, έτρεξαν να γλιτώσουν στην περσική Βαβυλωνία, στην πόλη Κτησιφών, στην αυλή του βασιλιά Χοσρόη Β΄ που πίστεψαν ότι ίσως είναι ο φιλόσοφος-βασιλιάς όπως τον περιέγραψε ο Πλάτων. Δυστυχώς γρήγορα απογοητεύθηκαν από την πραγματικότητα που δεν είχε καμία σχέση με αυτό που φαντάζονταν. Ευτυχώς, όμως, με τη συνθήκη ειρήνης μεταξύ Ρωμαίων και Περσών το 532 μ.Χ. μπόρεσαν να επιστρέψουν άφοβα στην πατρίδα τους και να ζήσουν ελεύθερα χωρίς να αναγκαστούν να αλλάξουν θρησκεία και να γίνουν χριστιανοί. Σύμφωνα με τις μαρτυρίες οι φιλόσοφοι της σχολής των Αθηνών ίσως δεν επέστρεψε ο καθένας στην πατρίδα του αλλά παρέμειναν και μελετούσαν μαζί.

Το κλείσιμο της σχολής των Αθηνών το 529 μ.Χ. και η φυγή των Αθηναίων φιλόσοφων το 531/532 μ.Χ. δεν συμπίπτει με το τέλος της αθηναϊκής νεοπλατωνικής φιλοσοφίας. Τα εκτενή υπομνήματα του Σιμπλικίου στον Αριστοτέλη, στα οποία επιχειρείται με μνημειώδη τρόπο η υπεράσπιση της αρχαίας ελληνικής φιλοσοφικής και θρησκευτικής παράδοσης, γράφτηκαν μετά την επάνοδό του από την Περσία.